מה זה ריצוף כלל גנומי
ריצוף כלל גנומי, Whole Genome Sequencing, הוא שיטה שבה נקראים מקטעי DNA מכל רחבי הגנום ולא רק מאזורים שנבחרו מראש. בבדיקת NIPT השיטה משמשת כדי לספור כמה מקטעים הגיעו מכל כרומוזום ולזהות עודף או חוסר בכמות החומר. זה לא אומר שקוראים את הגנום המלא של ההיריון — קוראים דגימה מייצגת ממנו, ומודדים כמויות.
זו כנראה נקודת אי-ההבנה הגדולה ביותר בתחום, ושווה לפרק אותה.
מה נקרא בפועל
המעבדה מבודדת מקטעי DNA חופשי מפלזמת הדם וקוראת מיליוני מקטעים קצרים. כל מקטע ממופה לכרומוזום שממנו הוא בא, והמעבדה סופרת.
התוצאה אינה רצף. היא טבלת כמויות: כמה חומר הגיע מכרומוזום 1, כמה מ-2, וכן הלאה. אם כרומוזום מסוים תורם יותר מהצפוי, זה מעלה חשד לטריזומיה; פחות מהצפוי מעלה חשד לחסר.
ריצוף ממוקד מול ריצוף כלל גנומי
- ריצוף ממוקד קורא רק אזורים נבחרים מראש — למשל רק כרומוזומים 21, 18 ו-13. עמוק יותר באותם אזורים, עיוור לחלוטין לכל השאר.
- ריצוף כלל גנומי קורא מקטעים מכל הכרומוזומים. פחות עומק בכל נקודה, אבל כיסוי של כל התמונה.
זה מה שמאפשר לרמה המורחבת לסרוק את כל הכרומוזומים על אותה דגימה בדיוק — אותה קריאה, דיווח רחב יותר.
בדיקת DaNAcare מבוססת על VeriSeq NIPT Solution v2 של Illumina, שהיא מערכת ריצוף כלל-גנומי. האנליזה נעשית בישראל, במעבדות GGA של חברת סביון דיאגנוסטיקה.
מה זה לא אומר
זו הנקודה שהכי חשוב לדייק בה, כי "ריצוף כלל גנומי" נשמע כמו "יודעים הכול".
- לא קוראים את הגנום המלא של העובר. קוראים מקטעים שמקורם בעיקר בשליה, ומודדים מהם כמויות. זו דגימה סטטיסטית, לא רצף מלא.
- לא רואים שינויים ברמת הגן הבודד. מוטציה נקודתית אינה משנה את כמות החומר הכרומוזומלי, ולכן היא בלתי נראית בשיטה הזו. מחלות חד-גניות אינן בטווח.
- לא רואים מומים מבניים. אין כאן תמונה של העובר — יש חשבון על חומר.
- לא רואים שינויים שאינם משנים כמות, למשל טרנסלוקציה מאוזנת, שבה חומר עבר מקום אבל הכמות הכוללת נשמרה.
- יש גבול תחתון לגודל. מיקרו-חסרים מתחת לסף הדיווח אינם מדווחים.
מה הבדיקה יכולה ומה אינה יכולה לגלות
למה עומק הקריאה מכריע
ככל שקוראים יותר מקטעים, כך ההערכה הסטטיסטית מדויקת יותר — כמו סקר שמתבסס על מדגם גדול יותר.
זו אחת הסיבות שהחלק ההיריוני בדגימה כל כך קריטי: הוא קובע כמה מהמקטעים שנקראו נושאים בכלל מידע על ההיריון. כשהוא נמוך, אפשר לקרוא מיליוני מקטעים ועדיין לא לקבל די אות — ואז הדגימה מסתיימת ללא תוצאה.
אם זה ריצוף כלל גנומי, למה הבדיקה לא מגלה מחלות גנטיות?
כי היא סופרת כמויות של חומר כרומוזומלי, ולא קוראת את רצף הגנים. מחלה חד-גנית נובעת משינוי ברמת האות בגן, והוא אינו משנה כלל את כמות החומר שמגיע מהכרומוזום. לשם כך נדרשות בדיקות גנטיות אחרות לגמרי.
אפשר לבקש ניתוח מלא של הגנום מהדגימה הזו?
לא מדגימת דם של האם. הכמות של החומר ההיריוני בדגימה קטנה מכדי לאפשר רצף מלא ואמין, והוא גם מעורבב בחומר של האם. ניתוח מעמיק דורש חומר מההיריון עצמו, כלומר בדיקה אבחנתית.
למה הרמה המורחבת לא עולה יותר בזמן?
כי היא רצה על אותה דגימה ועל אותה קריאה. ההבדל הוא בהיקף הדיווח, ולא בכמות העבודה המעבדתית. זו גם הסיבה ש"רחב יותר" אינו אומר "מדויק יותר".
זה אותו ריצוף שעושים בבדיקות גנטיות אחרות?
העיקרון דומה, אבל השימוש שונה לגמרי. כאן הריצוף משמש לספירת כמויות באופן סטטיסטי; בבדיקות גנטיות אחרות הוא משמש לקריאת רצף מדויק באזורים מסוימים. אותו כלי, שאלה אחרת.
מונחים קשורים: DNA חופשי · סקר כלל גנומי · VeriSeq · Fetal fraction · אנאופלואידיה · המדע מאחורי הבדיקה
